医院设有呼吸内科、神经内科、肾内科、消化内科、血液科、内分泌科、肿瘤科、风湿免疫科、胸外科、肝胆胰外科、关节外科、神经外科、创伤骨科、脊柱外科、手术麻醉科、乳腺外科、小儿外科、泌尿外科、感染性疾病科、妇产科、儿科、口腔科、耳鼻喉科、眼科、中医科、老年病康复科、皮肤科、重症医学科、整形美容科、急诊部、保健病房、肿瘤放疗科、病理科、健康医学部、营养科、超声科、磁共振科、核医学科、输血科、心功能科、影像科、药学部（药物临床试验机构）等临床科室和医技科室。
一、国家临床重点专科：消化内科、心血管内科。
二、福建省临床重点专科：消化内科、肾内科、肝胆胰外科、普外科、胃肠外科、血管外科、乳腺外科、小儿外科、康复医学科、皮肤科。
三、厦门市临床重点学科：神经内科、内分泌科、血液科、神经外科、胸外科、超声科、专科护理。
一、优势病种：脑干肿瘤、颅内动脉瘤、脑血管病、肺间质性肺疾病、肺血管性疾病、甲状旁腺疾病、肾上腺疾病、肾病综合征、糖尿病肾病、狼疮性肾炎、常染色体显性遗传多囊肾病、癫痫、帕金森病、神经症、焦虑症、抑郁性神经症、神经免疫病、神经肌肉病、糖尿病及其并发症、肥胖症、甲亢、甲减、嗽气喘、鼾症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、干燥综合症、白塞氏病、混合性结缔组织病、成人still病、痛风、血管炎、高血压、老年病、亚健康、功能康复、虚证、精液病、性功能障碍、前列腺疾病、月经失调、痛经、盆腔炎、内分泌失调、胃肠粘膜病变、胃肠道肿瘤。
二、优势技术：脑干肿瘤切除术、颅内动脉瘤夹闭术、纤支镜检查、气管支架置入术、肺活检介入术、肾移植、肾癌根治术、腹腔镜微创脾切除术、腹腔镜肝脏/胆道/胰腺手术、腹腔镜精准微创肝切除术、腹腔镜微创胰腺手术、胰腺癌根治切除术、肝门部胆管癌根治术、膀胱全切肠代膀胱手术、腹腔镜切除肾术、胸壁肿瘤手术、三野食管癌根治术、腹腔镜辅助结直肠癌根治术（D3）、根治性左半结肠切除术、直肠癌低位超低位切除术、腔镜辅助甲状腺手术、腔镜辅助疝修补术、胃窦癌根治术、胃体贲门癌根治术。
